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如果短信应用不在手机桌面上，可以尝试以下几种方法来找回。
1、查找应用管理：打开手机的“设置”界面，找到并点击“应用管理”，在列表中找到短信应用，点击进入后如果有“显示在其他界面”或“显示通知”等选项，可以开启这些选项，这样短信应用可能会重新出现在桌面上。
2、查找桌面设置：在手机桌面上滑动，查看是否有桌面设置或编辑桌面的选项，如果有，可以在这里查找短信应用的图标并将其恢复到桌面上。
3、搜索应用：在手机屏幕上使用搜索功能，搜索短信应用，有些手机支持全局搜索，可以在搜索栏中输入短信或短信应用的名称，手机会自动显示出该应用的位置。
4、查找已安装应用列表：打开应用商店或应用商店的已安装应用列表，找到短信应用并查看其位置，如果短信应用已经安装但不在桌面上显示，可以尝试重新安装或恢复应用。
5、重新启动手机：有时候手机出现问题会导致某些应用不显示在桌面上，可以尝试重新启动手机并查看短信应用是否重新出现在桌面上。
如果以上方法都无法找回短信应用，建议联系手机制造商的客户支持寻求帮助。